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如果小米手机上的短信已经被彻底删除，恢复起来可能会有些困难，但以下是一些可以尝试的方法。
1、通过云服务恢复：如果开启了小米的云服务功能，并且同步短信到云端，可以通过云服务恢复已删除的短信，具体操作如下：
登陆小米账号，进入“设置”->“系统与安全”->“小米云服务”->“短信”，选择需要恢复的短信进行恢复。
2、使用数据恢复软件：可以使用数据恢复软件如EaseUS数据恢复、DiskGenius等来尝试恢复删除的短信，这些软件可以扫描手机上的数据并尝试恢复被删除的短信，但请注意，使用第三方软件可能存在风险，建议在官方渠道下载并使用，并确保数据安全。
3、前往服务中心：如果以上方法均无法恢复删除的短信，建议前往小米服务中心，寻求专业技术人员的帮助，他们可能有更高级的数据恢复方法。
需要注意的是，恢复已删除的数据并不总是成功的，尤其是当数据被覆盖或损坏时，建议定期备份重要数据，以避免数据丢失的风险，未来在删除任何重要数据之前，请三思而后行。